Gaflenz liegt im Traunviertel rund 28 Kilometer südöstlich von Steyr und rund 28 Kilometer südwestlich von Amstetten direkt an der Landesgrenze zu Niederösterreich und gehört zur Region Pyhrn-Eisenwurzen. Die Gemeindefläche beträgt 58,79 Quadratkilometer, vovon 60,2 Prozent der Fläche sind bewaldet, 35,7 Prozent werden landwirtschaftlich genutzt. Die Gemeinde gliedert sich in die Katastralgemeinden: Gaflenz, Kleingschnaidt, Neudorf und Pettendorf.