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• 世新大學資訊安全實驗室 - 本實驗室研究重心為電子商務與網際網路安全, 其主要主題含電子付款機制, 電子拍賣機制, 電子投票機制, 公開金鑰基礎建設建置與實施, 各式密碼系統與安全協定之安全協定設計,分析與證明。
• 中央大學人工智慧與圖形識別實驗室 - 本實驗室指導老師為范國清教授與范子儀教授,研究領域為生物認證,影像處理,文件分析,數位圖書館等。
• 中央大學資料庫實驗室 - 由劉寶鈞教授、陳國棟教授和洪炯宗教授合作，本實驗室現有專任教師四位，兼任教師一位，博士班研究生七位，碩士班研究生十八位。
• 中央大學資訊工程研究所::分散式系統實驗室 - 分散式系統實驗室成立於西元1994年，研究的方向為分散式系統的相關研究與實作。
• 中央研究院資訊科學研究所 - 其研究重點包含中文資訊處理、自然語言理解、文件分析與辨識、電腦通訊與網路、電腦圖學、多媒體系統、智慧代理人、電腦視覺、影像處理及圖形識別、演算法設計與分析、平行及分散式運算、網路計算環境、網路內容管理與XML、網路與軟體安全、正規驗證、機器人學等。
• 中央研究院資訊科學研究所中文資訊處理實驗室 - 研究領域為中文語言處理之資訊科技相關技術。
• 中山大學創新智慧資訊系統實驗室 - 由李宗南教授指導，研究領域為Bioinformation、Intelligent Appliances、Java computing。
• 中興大學資訊安全研究室 - 主要從事資訊安全技術之研發，最早期從存取控制之研究入門，接著研究資料壓縮，然後是數位簽章、電子投票、金鑰信託、電子現金、行動通訊、通行碼相互認證、網路競標、可證明安全之協定設計及數位產權管理等。
• 中興大學資訊科學系網路多媒體實驗室 - 由朱延平教授指導，研究網路、影像、數位學習、及生物資訊等領域。
• 中華民國電子化政府 -- 網路安全危機處理研發中心 - GSN-CERT/CC乃於民國87年由行政院研究發展考核委員會（研考會）委託國立交通大學資訊工程學系執行，並於民國88年正式成立。
• 中華民國電腦稽核協會 - 協會主要任務在於推動電腦稽核及系統控制安全之學術研究發展、協助制訂電腦稽核、控制、安全之標準、協助企業強化電腦系統之控制與電腦稽核功能、與國際電腦稽核相關組織作資訊及技術之交流。
• 中華電信研究所 - 隸屬於中華電信股份有限公司，研發網路通訊等相關技術。
• 交通大學分散式系統與網路安全實驗室 - 由謝續平教授主持，研究電腦/網路系統之安全問題研究、網際網路電話、行動通訊、應用軟體研發、多媒體應用等議題。
• 交通大學計算理論, 密碼學與資訊安全實驗室 - 研究領域為Complexity,Cryptography,與Information Security。
• 創意多媒體高互動與學習智慧實驗室 - 台灣中央大學網路學習科技研究所黃武元老師的實驗室網站。
• 台大通訊與多媒體實驗室 - 台大通訊與多媒體實驗室成立的動機係針對「媒體多樣化，通訊網路化」的趨勢及國內外對多媒體相關技術之強烈需求，故選擇—通訊與多媒體技術—為主要研究領域。
• 台灣大學資工所自然語言處理實驗室 - 由陳信希教授主持，研究目標包括：多語言資訊處理、語言工程基本理論和技術、本土語言處理與應用發展。
• 台灣大學資訊工程學系自然語言處理實驗室 - 由陳信希教授主持，本實驗室的研究目標包括：多語言資訊處理、語言工程基本理論和技術、本土語言處理與應用發展。
• 台灣科大資訊安全實驗室 - 本實驗室致力於密碼學理論的研究與發展，並以實務經驗加以佐證。
• 台灣科技大學 人工智慧金融交易系統研究中心 - 研究AI-based Financial Trading and Decision system/灰色理論/類神經網路/模糊理論/基因演算法/本體論之預測系統/人工智慧金融交易系統(股票、匯率、選擇權、原物料等)
• 台灣科技大學資訊安全實驗室 - 本實驗室致力於密碼學理論的研究與發展，並以實務經驗加以佐證。
• 國家高速網路與計算中心 - 國家實驗研究院高速網路與計算中心，簡稱為「國網中心」。
• 國立中山大學超大型積體電路設計實驗室 - 研究領域主要研發之晶片領域包括數位IC，類比IC，混合訊號IC，與無線通信週邊電路等，主要應用系統之領域包括數位電視接收器、顯示器控制器、植入式生醫晶片系統、與變頻器馬達控制器。
• 國立中興大學資料挖掘與電子商務實驗室 - 著重在資料庫效能調校之研究、XML資料庫之研究、無線通訊之研究、資料挖掘之研究。
• 國立台南大學知識本體應用暨軟體工程實驗室 - 本實驗室的研究方向包含了網際網路應用,知識管理,人工智慧,健康照護。
• 國立成功大學網路探勘暨跨語知識系統實驗室 - 成立於2004年7月，由盧文祥老師所帶領，主要研究方向為網路知識擷取與資訊檢索技術。
• 國立政治大學人工智慧經濟學研究中心 - 以人工智慧或計算智慧，研究二十一世紀的經濟學與財務相關議題。
• 國立清華大學「電腦與通訊科技研發中心」 - 國立清華大學「電腦與通訊科技研發中心」（簡稱電通中心）成立於民國八十三年九月。
• 多媒體暨網路安全實驗室 - 由張真誠教授領導，張教授對於資料庫設計、電子多媒體影像技術、電腦密碼學、電子商務安全等領域有卓越的研究貢獻。目前為國際電子電機工程師學會 (IEEE)院士與英國電機工程師學會 (IEE)院士。
• 工研院資訊與通訊研究所 - 源自於1990年自電子所衍生成立的電腦與通訊工業研究所，自2006年1月1日起因應工研院組織調整正式更名，簡稱資通所。以IT-enabled Services為策略思考方向，四大研發技術主軸：全IP電信網路及服務、寬頻無線通訊、行動數位生活、無線感測網路。
• 平行暨分散式系統實驗室 - 由金仲達老師主持，研究領域為Pervasive/Ubiquitous computing 遍行無礙計算與Peer-to-peer computing 點對點計算。
• 成功大學資訊安全實驗室 - 研究資訊網路安全、生物特徵辨識、入侵偵測系統、串流簽章技術、量子密碼學。
• 新趨勢網路科技實驗室 - 政大資科新趨勢網路科技實驗室。
• 東海大學資訊安全實驗室 - 著重於網路安全與密碼學相關應用技術研究與開發。
• 清華大學即時系統實驗室 - 由石維寬老師主持，研究即時系統設計、無線及個人通訊系統、網際網路技術、多媒體系統。
• 清華大學自然語言處理實驗室 - 自然語言系統實驗室成立於1988年，進行各項自然語言相關軟體技術的研發。主要的研究項目包含文字校對，資訊檢索系統及機器翻譯系統。
• 清華大學資訊系統與應用研究所學習科技實驗室 - 學習科技實驗室的前身為教育傳媒資訊教研室，隨著學習科技領域相關研究的興起,實驗室於2002年9月正式更名為學習科技實驗室(Lab of Learning Technology)。
• 財團法人電信技術中心 - 於93年2月成立，以促進資訊通訊產業蓬勃發展為目標，提供電信產品檢測驗證及顧問諮詢服務。
• 逢甲資訊安全實驗室 - 由李維斌老師帶領，成員有博士班、碩士班及在職專班數十人。
• 雲林科技大學人工智慧實驗室 - 研究領域為動態幾何學習環境與自動證明,線上智慧型英語學習系統,電腦象棋與對局理論,基礎形狀文法與運算設計。
• 雲林科技大學智慧型資料庫系統實驗室 - 由許中川教授指導，研究領域為資訊技術於行銷資料之應用、資訊技術於醫療資料之應用、資訊技術於財務資料之應用、資訊技術於知識管理之應用、視覺化資料分析與探勘、資料探勘技術研發。
• 雲林科技大學計算機網路研究室 - 由伍麗樵教授指導，研究領域為網路安全、網路群播、網路監控、系統軟體發展、計算機應用等之研發與設計。
• 高雄師範大學 網路安全實驗室 - 楊中皇教授主持, 專長於密碼學、資訊安全、網路安全等。
• MOICA內政部憑證管理中心 - 自然人憑證專屬網站，提供各種憑證、IC卡應用資訊、RAC憑證申辦作業、相關法規資料、讀卡機選購資訊等。

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