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• 内生金属矿床成矿机制研究国家重点实验室 - 研究方向为矿床成因理论和成矿规律，以及相关的基础地质研究，地球系统演化及其与成矿关系。
• 卫星海洋环境动力学国家重点实验室 - 国家海洋安全和海洋可持续发展服务，利用卫星遥感和ARGO等海洋观测新技术，开展卫星海洋环境动力学的多学科交叉与整合研究。
• 土壤与农业可持续发展国家重点实验室 - 实验室于2003年12月由国家科技部批准并资助建设的国家重点实验室实验室，依托于中国科学院南京土壤研究所。
• 大气科学及地球流体力学数值模拟国家重点实验室 - 实验室主要研究和发展地球流体（大气和海洋）宏观演变规律及机理的系统理论。
• 大气边界层物理与大气化学国家重点实验室 - 研究大气特别是低层大气中发生的物理化学过程、形成机制、演变规律，及其对天气、气候和环境的影响。
• 岩石圈演化国家重点实验室 - 实验室定位于基础研究，重点研究大陆岩石圈的组成、构造和演化历史，壳－幔过程与盆－山系统等。
• 有机地球化学国家重点实验室 - 主要研究方向为石油天然气资源与环境的战略需求和当代有机地球化学学科的发展走势。
• 污染控制与资源化研究国家重点实验室 - 实验室依托于同济大学、南京大学环境科学与工程学科群，涵盖环境科学、环境工程、市政工程三个博士点；环境科学、环境工程和土木与水利3个博士后流动站。
• 河口海岸学国家重点实验室 - 实验室主要从事河口海岸的应用基础研究。
• 海洋地质国家重点实验室 - 教育部直属国家重点实验室。
• 环境地球化学国家重点实验室 - 环境地球化学是地球化学与环境科学结合而发展起来的一门新兴的交叉学科，是当代地球科学的前沿领域之一。
• 空间天气学国家重点实验室 - 负责承担了科学应用分系统和部分有效载荷分系统的研制工作，“双星计划”是我国第一次以自己提出的空间探测计划进行国际合作的项目。
• 近海海洋环境科学国家重点实验室 - 实验室站在学科研究的前沿，面向经济建设的实际需求，既重视学科本身的发展，也重视国家经济建设中重大技术问题的研究。
• 近海海洋环境科学国家重点实验室（厦门大学） - 厦门大学近海海洋环境科学国家重点实验室于2005年3月获科技部正式批准建设。
• 遥感科学国家重点实验室 - 由中国科学院遥感信息科学重点实验室和北京师范大学遥感与地理信息系统研究中心联合组成。
• 黄土高原土壤侵蚀与旱地农业国家重点实验室 - 实验室是以黄土高原侵蚀环境调控和提高旱地农业生产力为研究方向，以解决黄土高原水土流失和干旱为目标。

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